從實驗室工作流程來看，微生物實驗室可分為樣品保存、樣品前處理、過程分析、清洗滅菌四個流程，不同的工作流程需要不同的儀器。
1 、樣品保存
（1）超低溫冰箱：低溫保存疫苗、菌種、生物樣本等。
（2）液氮罐：用于細(xì)菌、酵母、霉菌和大型真菌等各種微生物的長期保存。
（3）藥品冷藏箱：用于冷藏保存藥品、試劑、生物制品和疫苗。
2 、樣品前處理
（1）移液器：定量轉(zhuǎn)移液體的器具。
（3）凍干機：凍結(jié)的水分子直接升華水蒸氣。
（4）均質(zhì)儀：提取樣品中DNA/RNA/蛋白質(zhì)。
（5）培養(yǎng)箱：培養(yǎng)微生物、植物和動物細(xì)胞。
（6）生物安全柜：實驗操作中空氣凈化負(fù)壓安全裝置。
（7）超凈工作臺：局部工作區(qū)域潔凈度。
（8）微波爐/電爐：微生物固體培養(yǎng)基的加熱溶化。
3、過程配置
（1）天平：天平用于精確稱量各類試劑。
（2）搖床：在微生物實驗操作過程中，液體培養(yǎng)基培養(yǎng)細(xì)菌時需要在特定溫度下振蕩使用。
（3）分光光度計：用于測定微生物懸液的濃度，可以正確選取合適的培養(yǎng)時間。
（4）恒溫干燥箱：用于滅菌和洗滌后的物品烘干。
（5）恒溫水浴鍋：提供微生物反應(yīng)所需要的溫度。
（6）酸度計：用于配置試劑時精確測量PH值
4 、過程分析
（1）PCR儀：用于傳染病的診斷、基因復(fù)制以及親子鑒定。
（2）酶標(biāo)儀：酶聯(lián)免疫吸附試驗的專用儀器。
（3）核酸提取儀：核酸提取試劑自動完成樣本核酸提取。
（4）暗箱式紫外分析儀：于核酸、蛋白電泳凝膠，薄層層板結(jié)果的觀察分析。
（5）電泳儀：用于DNA測序。
5 、清洗滅菌
（1）高壓滅菌鍋：實驗前后殺菌。
（2）超聲波清洗機：清洗實驗器具及玻璃器皿。
在實驗室時還需要其他一些耗材，例如酒精燈，試管架，三角瓶，量筒，玻璃試管，滅菌吸管，涼干架，剪刀，鑷子，脫脂棉，紗布，試管筐，無菌采樣及稱樣袋，接種環(huán)，過濾器等。
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